Trong vài năm trở lại đây, hoạt động kinh doanh của các doanh nghiệp phân bón gặp không ít khó khăn khi giá sản phẩm liên tục sụt giảm do dư cung và giá nguyên liệu đầu vào giảm. Riêng trong năm 2016, tác động từ Elnino khiến hạn hán và xâm nhập mặn gia tăng ở các vùng phía Nam ảnh hưởng tiêu cực tới sản xuất nông nghiệp cũng gián tiếp khiến nhu cầu tiêu thụ phân bón thấp hơn so với mọi năm.
Ngoài ra, ngành phân bón trong nước còn chịu áp lực cạnh tranh mạnh mẽ từ các sản phẩm nhập khẩu từ Trung Quốc, Asean hay tình trạng phân bón giả, kém chất lượng, chưa được kiểm soát chặt chẽ.
Không những vậy, tác động kéo dài của luật thuế 71 quy định các mặt hàng phân bón không thuộc diện chịu thuế GTGT, thay vì mức 5% của năm 2014 đã khiến các doanh nghiệp phân bón không còn được khấu trừ VAT đầu vào. Điều này dẫn tới chi phí sản xuất tăng hàng trăm tỷ đồng càng khiến doanh nghiệp thêm phần khó khăn.
Với kết quả kinh doanh không khả quan, giá cổ phiếu cũng phản ánh rõ tình hình của doanh nghiệp khi chủ yếu đi ngang và có xu hướng sụt giảm mạnh trong nửa cuối năm 2016 khi nhu cầu tiêu thụ không tăng trưởng. Chỉ có cổ phiếu Phân bón Bình Điền (BFC) giữ được lợi nhuận ở mức ổn định và giá cổ phiếu vẫn có mức tăng trưởng dương.
