Lần sửa đổi này, một trong những vấn đề được tranh luận đến phiên thảo luận cuối cùng là quy định thuế suất đối với mặt hàng phân bón.

Nhiều ý kiến thống nhất với đề xuất áp thuế suất 5% đối với phân bón như dự thảo Luật của Chính phủ và nội dung giải trình của Ủy ban Thường vụ Quốc hội (UBTVQH). Một số ý kiến đề nghị tiếp tục miễn thuế cho phân bón và máy móc thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp như hiện hành, vì áp dụng thuế 5% sẽ làm tăng giá phân bón, doanh nghiệp được hưởng lợi, NSNN được tăng thu 1.500 tỷ đồng (từ phân bón nhập khẩu), người nông dân phải gánh chịu thiệt hại.

Bên cạnh đó, có ý kiến đề nghị áp dụng mức thuế suất 0% hoặc 1%, 2% để doanh nghiệp trong nước cũng được hoàn thuế đầu vào, bảo đảm hài hoà cho cả người dân và doanh nghiệp.

Có ý kiến đề nghị giải trình rõ hơn, đánh giá toàn diện tác động của quy định này với nông dân và sản xuất nông nghiệp, thuỷ sản. Có ý kiến lo ngại về khả năng doanh nghiệp trục lợi chính sách, nâng giá bán làm ảnh hưởng đến nông dân.

Báo cáo bổ sung trước khi đại biểu bấm nút, về đề xuất đưa phân bón vào diện áp dụng thuế suất GTGT 0% (hoặc 1%, 2%) UBTVQH nêu rõ, đúng như ý kiến của ĐBQH, nếu quy định phân bón áp dụng thuế suất 0% thì sẽ bảo đảm lợi ích cho cả doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước và doanh nghiệp nhập khẩu vì phân bón nhập khẩu và phân bón sản xuất trong nước đều sẽ được hoàn số thuế GTGT đầu vào đã nộp và không phải nộp thuế GTGT đối với phân bón khi bán ra.

Tuy nhiên, trong trường hợp này, hàng năm NSNN sẽ phải bỏ ra hàng nghìn tỷ đồng để hoàn thuế GTGT đầu vào cho các doanh nghiệp. Theo số liệu của Tổng cục Thuế, tổng số thuế GTGT đầu vào cho sản xuất phân bón các năm 2019-2023 không được khấu trừ (do chính sách hiện hành phân bón không thuộc đối tượng chịu thuế) là 8.962.029 triệu đồng; như vậy, nếu áp dụng thuế suất 0% thì NSNN sẽ phải hoàn cho các doanh nghiệp số thuế đầu vào này.

Nếu tính theo sản lượng và kế hoạch năm 2024 thì số thuế GTGT đầu vào cần được hoàn của riêng Tập đoàn Hoá chất Việt Nam là 1.119 tỷ đồng, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam là 1.326 tỷ đồng . Báo cáo thuyết minh Dự án Luật cũng cho thấy số thuế GTGT đầu vào của đối với 2 doanh nghiệp lớn nêu trên là trên 1 nghìn tỷ đồng/năm của mỗi doanh nghiệp, đối với các doanh nghiệp khác, số thuế được hoàn sẽ vào khoảng 800 tỷ đồng/năm mỗi doanh nghiệp.

Ngoài yếu tố bất cập đối với NSNN, việc áp dụng thuế suất 0% đối với phân bón là trái với với nguyên tắc, thông lệ của thuế GTGT là thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, không áp dụng với tiêu dùng trong nước. Việc áp dụng theo hướng này sẽ phá vỡ tính trung lập của chính sách thuế, tạo tiền lệ xấu và không công bằng với các ngành sản xuất khác.

Việc quy định thuế suất 1% hoặc 2% đối với phân bón cũng không phù hợp với mục tiêu cải cách thuế GTGT là giảm bớt số lượng các mức thuế suất, không gia tăng số lượng các mức thuế suất so với quy định hiện hành như đã được giải trình với các ĐBQH, Chủ nhiệm Uỷ ban Tài chính – Ngân sách Lê Quang Mạnh cho biết.

Về ý kiến cho rằng “áp dụng thuế GTGT 5% làm tăng giá phân bón”, UBTVQH dẫn số liệu từ buổi Tọa đàm tham vấn “Ảnh hưởng của việc áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% đến ngành phân bón” do Tổng Hội Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam, Hội Tư vấn thuế Việt Nam, Trường Đại học Ngoại thương Việt Nam tổ chức ngày 17/10/2024, các chuyên gia đã tính toán đối với phương án chuyển phân bón sang áp dụng thuế suất 5%, thì giá phân Urê, DAP và lân sản xuất trong nước có dư địa giảm. Cụ thể phân Urê có thể giảm 2%, phân DAP có thể giảm 1,13%, phân lân có thể giảm 0,87%.

Giá NPK có thể tăng không đáng kể (0,09%) hoặc giữ nguyên.

Giá phân Urê, DAP, NPK, SA và Kali nhập khẩu tăng, cụ thể: phân NPK nhập khẩu có thể tăng 5%.

Theo cấu trúc thị trường phân bón hiện tại (tiêu thụ phân bón sản xuất trong nước chiếm trên 70%, tiêu thụ phân bón nhập khẩu chiếm dưới 30%), sẽ cho phép doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước dẫn dắt điều chỉnh mặt bằng giá thị trường phân bón.

Với chính sách áp dụng thuế suất thuế GTGT 5% đối với phân bón, giá thành phân bón sản xuất trong nước giảm, giá bán phân bón sản xuất trong nước có dư địa giảm, sẽ tạo tác động dẫn đến các nhà nhập khẩu phân bón cũng sẽ phải giảm giá bán phân bón nhập khẩu theo mặt bằng giá thị trường, đem lại lợi ích lớn cho bà con nông dân.

Về khả năng doanh nghiệp lợi dụng chính sách làm ảnh hưởng đến mặt bằng giá phân bón trên thị trường, UBTVQH hồi âm, những lo ngại của ĐBQH về việc các doanh nghiệp sản xuất trong nước có thể cấu kết với tư thương nhập khẩu phân bón để tăng giá bán của phân bón trên thị trường là có cơ sở vì mục tiêu của doanh nghiệp là lợi nhuận.

Tuy nhiên, hiện nay phân bón là mặt hàng thuộc diện Nhà nước bình ổn giá. Vì vậy, khi chính sách mới được thực hiện, nếu trên thị trường có dấu hiệu bất ổn, các cơ quan quản lý nhà nước có thể thực hiện các biện pháp bình ổn giá theo quy định của Luật Quản lý giá, như kiểm tra và yêu cầu doanh nghiệp báo cáo về các yếu tố hình thành giá, kiểm soát hàng tồn kho, đánh giá cung cầu,… để xác định nguyên nhân xem có yếu tố trục lợi hay không để áp dụng biện pháp xử lý phù hợp.

Về ý kiến cho rằng áp dụng thuế GTGT 5% phân bón, NSNN được tăng thêm 1.500 tỷ đồng và người nông dân phải gánh chịu, UBTVQH nêu, nếu áp dụng thuế suất 5% thì các đơn vị nhập khẩu phân bón sẽ phải nộp vào NSNN là 1.500 tỷ đồng thuế GTGT từ khâu nhập khẩu (lấy theo kim ngạch nhập khẩu năm 2023). Tuy nhiên, kim ngạch phân bón nhập khẩu sẽ có xu thế giảm do áp dụng thuế GTGT 5% dẫn đến số thu thực tế vào NSNN (nếu có) cũng sẽ thấp hơn con số 1.500 tỷ đồng. Ngoài ra, số thuế GTGT thu được từ phân bón nhập khẩu sẽ còn phải được bù trừ với phần thuế GTGT sẽ còn phải hoàn cho doanh nghiệp trong nước nên tác động tăng thu NSNN do áp dụng thuế GTGT 5% là không đáng kể và nếu có thì cũng sẽ thấp hơn nhiều so với con số 1.500 tỷ đồng.

Số liệu chưa đầy đủ cho thấy, NSNN sẽ phải hoàn thuế GTGT cho: Tổng công ty Phân bón và hoá chất dầu khí và Công ty Cổ phần Phân bón Dầu khí Cà Mau là 433,196 tỷ đồng (theo số liệu sản lượng và kế hoạch năm 2024) ; của Tập đoàn Hoá chất Việt Nam là 268 tỷ đồng (theo số liệu sản lượng và kế hoạch năm 2024) ; Công ty TNHH Đạm Ninh Bình là 80,45 tỷ đồng, Công ty cổ phần phân đạm và hoá chất Hà Bắc là 52,59 tỷ đồng (tính theo số liệu sản lượng của năm 2023) ,… Ngoài ra, việc ban hành chính sách này không vì mục tiêu tăng thu ngân sách; số thu vào ngân sách sau khi đã bù trừ với số phải hoàn cho doanh nghiệp nếu có thì Nhà nước có thể sử dụng cho các mục tiêu hỗ trợ trở lại cho hoạt động sản xuất, chế biến, tiêu thụ nông sản.

Mặt khác, về tác động thực tế đối với người nông dân, số tiền mà ĐBQH cho rằng sẽ thu được vào vào NSNN nêu trên sẽ không chuyển hoàn toàn vào giá bán để tạo gánh nặng cho người nông dân.

Vì, (1)người nông dân có thể lựa chọn mua phân bón sản xuất trong nước có giá rẻ hơn thay vì mua phân bón nhập khẩu; (2) Các đơn vị nhập khẩu sẽ phải cân đối giá bán một cách hài hoà với mặt bằng chung trên thị trường trong nước để bảo đảm khả năng tiêu thụ; (3) Theo Hiệp hội phân bón và các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước, việc áp dụng chính sách mới còn có một số tác động tích cực đối với nông dân do doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT đầu vào, có thêm nguồn vốn, có động lực đầu tư nghiên cứu, đổi mới công nghệ, sản xuất các loại phân bón tác dụng cao, phân bón thế hệ mới, góp phần làm tăng năng suất cây trồng, cải thiện chất lượng sản phẩm do đó tăng hiệu quả công tác trồng trọt một cách bền vững. Khi doanh nghiệp tăng cường đầu tư sản xuất trong nước sẽ làm giảm dần lượng phân bón nhập khẩu.

Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính – Ngân sách Lê Quang Mạnh cho biết, ngày 26/11, Tổng Thư ký Quốc hội đã gửi phiếu xin ý kiến các vị ĐBQH đối với nội dung này, theo đó, có 234 ĐBQH (chiếm 72,67% tổng số ĐBQH cho ý kiến) tán thành quy định đưa phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp, tàu khai thác thủy sản quay lại diện chịu thuế GTGT 5%).

Gồm 4 chương 17 điều, Luật Thuế giá trị gia tăng có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2025.