Tuy nhiên, để tháo gỡ khó khăn cho các doanh nghiệp sản xuất phân bón, Bộ Tài chính đã nghiên cứu kiến nghị của doanh nghiệp và đưa vào nội dung sửa đổi Luật Thuế giá trị gia tăng; trong đó, có nội dung chuyển mặt hàng phân bón từ đối tượng không chịu thuế sang đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 5%.Theo ông Phạm Đình Thi, Vụ trưởng Vụ chính sách Thuế (Bộ Tài chính), tại khoản 3a Điều 5 của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT), quy định phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng.
Ông Phạm Đình Thi cho biết, Thủ tướng Chính phủ đã xem xét vấn đề này và đề nghị Bộ Tài chính chuẩn bị các nội dung sửa đổi Luật Thuế GTGT để trình Quốc hội theo quy định của Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật. Theo quy định của Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật, muốn sửa đổi luật phải được đưa vào Chương trình xây dựng luật của Quốc hội, nhưng hiện nay, dự án Luật Thuế GTGT sửa đổi chưa được đưa vào chương trình họp Quốc hội kỳ này.