Hoạt động sử dụng phân bón vô cơ có thể tạo ra những tác động nhất định đối với chất lượng đất và cân bằng sinh thái tại các khu vực canh tác nông nghiệp nếu không được quản lý và sử dụng hợp lý. Nhận thức rõ trách nhiệm của doanh nghiệp trong chuỗi giá trị nông nghiệp, PVFCCo không chỉ tập trung quản lý và giảm thiểu các tác động liên quan đến đa dạng sinh học tại khu vực xung quanh Nhà máy Đạm Phú Mỹ, mà còn chủ động lồng ghép các giải pháp bảo vệ môi trường đất và hệ sinh thái trong suốt vòng đời sản phẩm, từ nghiên cứu – sản xuất đến quá trình sử dụng của người nông dân.

Trong quá trình triển khai các hoạt động sản xuất – kinh doanh, PVFCCo áp dụng nguyên tắc phòng ngừa nhằm hạn chế tối đa các tác động đến các khu vực có giá trị sinh thái cao. Theo đó, Tổng công ty không đầu tư xây dựng hay vận hành các cơ sở tại hoặc gần các khu bảo tồn thiên nhiên, khu vực có mức độ đa dạng sinh học cao hoặc các sinh cảnh nhạy cảm, dựa trên phân loại và đánh giá của các cơ quan quản lý nhà nước và các tổ chức quốc tế có uy tín.

PVFCCo cũng tích cực tham gia các chương trình bảo vệ và phục hồi hệ sinh thái thông qua các sáng kiến trồng cây và cải tạo đất. PVFCCo đã phối hợp cùng Công đoàn, Đoàn Thanh niên và các đơn vị chức năng tổ chức các chương trình: “Tết trồng cây hàng năm”, “Vườn cây Công đoàn tại Nhà máy”, “Xanh hóa Trường Sa”, phối hợp với Vùng 4 Hải quân tại Cam Ranh (Khánh Hòa) để thực hiện Chương trình “Xanh hóa Trường Sa” với tổng số cây đã trồng đạt hơn 305.650 cây xanh (hoàn thành kế hoạch triển khai chương trình trồng 300.000 cây xanh giai đoạn 2022–2025 của Tập đoàn giao cho PVFCCo), nhằm phủ xanh vùng cát ven biển, tăng khả năng giữ đất, chắn gió tại khu vực Trường Sa. Hoạt động này đồng thời góp phần cải thiện chất lượng đất trong điều kiện khắc nghiệt thông qua cơ chế cố định nitơ sinh học, hỗ trợ phục hồi thảm thực vật và đa dạng sinh học địa phương.